Optimisation de la conception de bioprocédés : vers une approche intégrée biologie de synthèse et conduite du procédé

Monsieur Guillaume JEANNE
Soutenance de thèse de doctorat le 27 Septembre 2018, 14h00 à CentraleSupelec (Gif-sur-Yvette) Amphi F3-05

Lieu : Centralesupelec, L2S – 3, rue Joliot Curie- Plateau de Moulon, Bâtiment Bréguet - 91192 GIF-SUR-YVETTE

Vous êtes cordialement invités au pot qui suivra en salle de réunion du Département Automatique (C3.20)

Membres du jury :

M. Didier DUMUR Professeur CentraleSupélec Directeur de thèse
M. Vincent FROMION Directeur de recherche INRA Jouy en Josas Co-encadrant
Mme Anne GOELZER Ingénieur de recherche INRA Jouy en Josas Co-encadrante
Mme Sihem TEBBANI Professeure CentraleSupélec Co-encadrante
M. Paul-Henry COURNEDE Professeur CentraleSupélec Examinateur
Mme Stéphanie HEUX Chargée de recherche INRA Toulouse Examinatrice
M. Olivier BERNARD Directeur de recherche INRIA Sophia-Antipolis Rapporteur
M. Denis DOCHAIN Professeur Université catholique de Louvain Rapporteur
M. Pierre MARTINON Chercheur INRIA Paris-Saclay Invité

 

Résumé :

La conception de souches efficaces pour la production de composés d’intérêt offre des potentiels immenses qui restent trop peu exploités par manque de lien entre les étapes d'optimisation de la conception de souche et celle de la conduite du bioprocédé.

Pour combler ce manque, cette thèse propose une description des bioprocédés intégrant pleinement le fonctionnement interne des micro-organismes impliqués dans la production de composés d'intérêt. Cette description permet d’optimiser simultanément la souche et le procédé pour maximiser la production d’un composé d’intérêt en respectant les contraintes attachées à ces deux étapes.

Dans un premier temps, une nouvelle classe de modélisation de bioprocédés est développée, à l'interface entre les modèles intracellulaires de gestion de ressources et les modèles macroscopiques usuellement utilisés dans la commande de bioprocédés en bioréacteurs. Dans un second temps, des contraintes liées à l’implémentation biologique de la stratégie de contrôle sont intégrées au problème. Ceci permet d’obtenir une conception plus réaliste du point de vue de l’ingénierie des génomes. Enfin, la dernière partie de la thèse montre que la méthodologie présentée jusqu’alors sur un modèle agrégé peut être étendue à des représentations détaillées du comportement des micro-organismes.

Mots-clés :

Bioprocédé, Optimisation, Conduite du procédé, Conception de souche